1874 m. rugpjūčio 18 d. reformatų Lietuvos Vienatos Sinodo metu buvo pašventinta dabartinė Biržų reformatų bažnyčia.
Pašventinant bažnyčią dalyvavo gen. superint. Steponas Lipinskis, Vilniaus distrikto konsenjoras Juozas Glovackis, Baltarusijos senjoras Janas Mandzelovskis ir konsenjoras Aleksandras Kavelmacheris, Žemaitijos distrikto senjoras Konstantinas Močiulskis ir konsenjoras Oskaras Kurnatauskas, Kolegijos prezidentas Edvardas Grotkovskis, Kolegijos gen. sekretorius Tomas Lipinskis, kunigai: Martynas Cumftas (Nem. Radviliškis), Andrius Kadaras (Papilys), Vladislavas Mandzelovskis (Kėdainiai), Vladislovas Ceraskis (Vilnius), diakonas Adolfas Neimanas.
1547 m. vasario 12 d. Mikalojui Radvilai Rudajam Romos imperatorius Karolis V už nuopelnus kovose su stačiatikiais ir totoriais suteikė Šv. Romos imperijos kunigaikščio titulą. Biržai tampa Biržų-Dubingių kunigaikštystės centru. Mikalojus Radvila Rudasis testamentu Biržus užrašė savo sūnui Kristupui Radvilai Perkūnui (1547-1603).
Pirmojoje Biržų miestą vaizduojančioje Tomašo Makovskio graviūroje matome keletą pastatų – tvirtovės rūmus, miesto savivaldos simbolį – rotušę ir dvi bažnyčias. Viena stovėjo Širvėnos ežero pakrantėje, kita – tvirtovės kieme, tiesiai prieš rūmus. Abi jos buvo, kaip miesto įkūrėjas Kristupas Radvila Perkūnas pabrėžė, tikrai krikščioniško tikėjimo – evangelikų reformatų.
Manoma, kad pirmoji reformatų bažnyčia Biržuose buvo pastatyta 1587 metais tvirtovės kieme, tiesiai prieš rūmus. T. Makovskio graviūroje matoma mūrinė bažnyčia, kurios akcentu buvo gerokai už pačius rūmus aukštesnė keturių aukštų varpinė su vėjarode ir aukšta smaile. Kristupas Radvila Perkūnas 1599 m. testamente išreikšdamas paskutinę valią rašė, kad norėtų būti palaidotas tėviškėje, Biržų pilyje, mūrinėje bažnyčioje. Jo sūnus Kristupas Radvila (1585-1640), nors gimė ir mirė Svėdasų dvare, 1619 m. testamente išreiškė tokį pat norą: „Mano kūnas turi būti paguldytas prie mano geradario tėvo kojų“.
Tačiau nė vieno Radvilos norams nebuvo lemta išsipildyti. Radvila Perkūnas 1603 m. lapkričio mėnesį mirė Lososnoje, Baltarusijoje, žiemą, ilgai buvo laikomas pašarvotas Selcuose laukiant, kol sugrįš iš Vokietijos jo sūnus Kristupas. 1604 m. pavasarį ruošiantis miesto įkūrėjo Radvilos Perkūno laidotuvėms Biržuose, miesto seniūnas perspėjo, kad Biržų pilies bažnyčios pastatas apleistas ir gali iš viso sugriūti, rūsys nesaugus ir apgriuvęs, tad reikia rimtai užsiimti restauracija.
Dėl sunkiai pavasarį pravažiuojamų kelių buvo palaidotas pakeliui – Vyžuonose.
Vyžuonų bažnyčią atėmus katalikams, kunig. Boguslavas Radvila savo protėvių reformatų palaikus iš Vyžuonų perkėlė į Kėdainių ev. reformatų bažnyčios rūsį, įkurdamas ten mauzoliejų.
Bažnyčia pilies kieme XVII a. restauruojant tvirtovę buvo nugriauta ir nebeatstatyta.
Reformatų bažnyčia Širvėnos ežero pakrantėje faktiškai per 400 metų nepakeitė vietos. Pirmoji Kristupo Perkūno laikų bažnyčia greičiausiai nebuvo mūrinė, nes 1612 m. mūrininko Kornelijaus Kaizerio samdos sutartyje įrašyta, kad jis turi pakeisti seną bažnyčią, t. y. ją išmūryti.
Širvėnos pakrantėje esančią bažnyčią nuolat išlaikė Radvilos ir Biržų miestiečiai.
1655 m. kunigaikštis Boguslavas Radvila, paskutinis Radvila reformatas, Biržų bažnyčiai parvežė varpą iš Mogiliovo cerkvės.
Kai 1691 metais Lietuvos Vienatos Sinodas nusprendė rinktis ne vien Vilniuje, o paeiliui vis kitame distrikte, ir Biržuose pradeda rinktis Reformatų Bažnyčios Sinodai.
Šiaurės karo metu, kai 1704 m. švedai susprogdino tvirtovę ir miestą, bažnyčia taip pat sudegė. Žemaitijos distrikto konsenjoro Jono Petersono po visą kraštą surinktų lėšų dėka 1705 m. Biržuose vėl pastatyta medinė reformatų bažnyčia.
Išmirus Biržų-Dubingių reformatų kunigaikščių Radvilų šakai, 1731 m. Biržų miestas atiteko Nesvyžiaus Radviloms katalikams. Prasidėjo protestantų persekiojimas.
1733 m. Varšuvos Seimui uždraudus viešas reformatų pamaldas, naujų bažnyčių statybą, užimti valstybines vietas reformatų tikėjimo žmonėms, Biržų mieste buvo uždrausta gyventi evangelikams ir kitiems disidentams.
1741 m. samdiniai sunaikino Biržų evangelikų reformatų ir evangelikų liuteronų bažnyčias.
1767 m. sugrąžinus disidentams lygias teisės su katalikais, 1771 m. imamasi atstatyti sugriautą bažnyčią ir 1785 m. birželio 24 d. buvo pašventinta medinė Biržų reformatų bažnyčia, išstovėjusi nepilną šimtą metų. Apie 1862 m. buvo nugriauta ir jos vietoje pastatyti laikini maldos namai, vietinių vadinti Šapas. Pradėta rūpintis naujos bažnyčios statyba. Paruošti projektą pasamdytas Rygos architektas Heinrichas Schelli, gimęs Hamburge, studijavęs Sankt Peterburge, o nuo 1853 m. visą savo produktyvų kūrybinį gyvenimą paskyręs Rygai.
Heinricho Schellio parengtas Biržų bažnyčios projektas 1866 m. vasario 16 d. buvo patvirtintas Kauno gubernijos valdybos statybos skyriuje.
1867 m. birželio 24 d. pašventintas kertinis akmuo ir pradėta statyba. Ja rūpinosi Biržų reformatų bažnyčios klebonas, Žemaitijos distrikto senjoras Konstantinas Močiulskis (1826-1887), kuriam Biržų bažnyčioje yra memorialinė lenta, ir antrasis kunigas Oskaras Kurnatauskas.
1874 m. buvo užbaigta nauja neogotikinio stiliaus Biržų reformatų bažnyčia. Tų metų Lietuvos Vienatos Sinodas rinkosi Biržuose ir Sinodo metu rugpjūčio 18 d. buvo pašventinta Biržų reformatų bažnyčia. O rugpjūčio 23 d. naujoje Biržų bažnyčioje kunigu buvo ordinuotas Adolfas Neimanas (1845-1921) ir paskirtas klebonu į Švobiškio parapiją, kuri jau senai neturėjo savo kunigo.
Naujoji didinga raudonų plytų bažnyčia tapo Šiaurės Lietuvos reformatų centru. Bažnyčioje išliko unikalus vieningas neogotikinis interjeras: Dievo stalas, kunigų, konfirmantų ir senjorų suolai, presbiterijos tvorelė (grotelės), nepaprastai graži sakykla. Visa bažnyčios vidaus įranga padaryta iš medžio.
1933 m. rugsėjo 27 d. Biržų parapijos valdyba, pritariant parapijos tarybai, surengė loteriją bažnyčios bokšto remonto lėšoms rinkti ir 1934 metais bokštas buvo suremontuotas, uždengtas varine skarda. Taip pat tais metais buvo suremontuoti bažnyčios pamatai ir šventoriaus tvora.
1936 metais perdažytas bažnyčios vidus. Lotyniškas užrašas Soli Deo Gloria pakeistas lietuvišku Vienam Dievui Garbė.
Per II pasaulinį karą bažnyčia mažai nukentėjo, bet buvo sušaudytas stogas, bokštas.
Jį remontuodamas 1945 m. liepos 6 d. žuvo meistras Petras Grynas. Aplinkybės, kodėl užbaigęs darbą meistras nukrito, taip ir liko neišaiškintos.
1982 metų vasarą tuometinės Biržų parapijos pirmininkės Olgos Dagilienės rūpesčiu padarytas Biržų reformatų bažnyčios vidaus remontas.
2006 m. gegužės 11 d. ant Biržų reformatų bažnyčios bokšto suspindo naujas kryžius, o senasis tapo Biržų „Sėlos“ muziejaus eksponatu.
Dalija Gudliauskienė